¿Puedo conectar más de una Tiendanube a Boxfly o desconectarla?

Más de una tienda: sí. En Integraciones > Tiendanube > Configuración tocá "Conectar otra tienda" y repetí los pasos. Cada tienda tiene su chequeo y su recargo, y todas las ventas llegan al mismo panel.

Pausar o desconectar: si querés dejar de ofrecer Boxfly, desactivá el medio de envío Boxfly en Configuración > Medios de envío de Tiendanube, o desinstalá la aplicación desde Mis aplicaciones. Las ventas que ya llegaron siguen en tu panel.